На природничому факультеті Криворізького педагогічного здійснюється підготовка магістрів за двома спеціальностями: «Середня освіта (біологія та здоров’я людини)» та «Середня освіта (хімія)». Магістранти-біологи можуть здобути додаткову спеціальність «Психологія» або «Середня освіта (хімія)», а для магістрантів-хіміків передбачено додаткову спеціальність «Інформатика».
Навчання в магістратурі триває 1 рік і 4 місяці та здійснюється на базі освітнього ступеня «бакалавр». На факультеті передбачено як денну, так і заочну форму навчання. Велику зацікавленість у магістрантів викликають навчальні курси викладачів університету, які мають вагому краєзнавчу та науково-практичну складову, зокрема «Рослинність Криворіжжя», «Зелене будівництво та озеленення пришкільних ділянок», «Практика діагностично-корекційної роботи в закладах освіти», «Розв’язання хімічних задач у сучасній школі», «Інформатична STEM-освіта». Ці курси надають магістрантам можливість відчути себе справжніми експериментаторами, що здійснюють свої дослідження як у польових умовах, так і в обладнаних спеціальними приладами лабораторіях орнітології та екології рослинності Криворіжжя та в сучасних комп’ютерних кабінетах, розробляючи певний розділ або тему електронного підручника.
Після закінчення магістратури випускники мають захистити кваліфікаційну роботу або скласти іспит. Успішне завершення навчання забезпечить присвоєння відповідних кваліфікацій:
- магістр освіти (біологія та здоров’я людини); викладач біології; учитель біології, екології та основ здоров’я; практичний психолог;
- магістр освіти (біологія та здоров’я людини, хімія); викладач біології; учитель біології, хімії, екології та основ здоров’я;
- магістр освіти (хімія, інформатика); викладач хімії; учитель хімії, екології та інформатики.
Декан природничого факультету, доц., к. б. н. Е. О. Євтушенко розповів: «Кожного року на денну й заочну форму навчання в магістратурі нашого факультету вступають близько 50 осіб. На другому році навчання майже всі наші магістранти вже працюють за фахом у різних закладах освіти Кривого Рогу та прилеглих районів, у лабораторіях промислових підприємств та в інших установах. Магістратура природничого надає всі можливості для того, щоб обрати таку роботу, до якої найбільше лежить душа!».